1996 : Bjarne Riis, vainqueur, reconnaît en 2007 s'être dopé pendant la période concernée. Erik Zabel a également reconnu un dopage à l'EPO
1998 : l'affaire Festina pousse l'équipe de Richard Virenque à quitter le Tour de France.
1999 : Marco Pantani est exclu du Tour d’Italie à la veille de l'arrivée, suite à un contrôle sanguin montrant un hématocrite très supérieur à la limite autorisée de 50%. En 2001, le dopage le rattrape encore. Il est suspendu 6 mois pour avoir détenu dans sa chambre une seringue d'insuline pendant le Tour d'Italie.
1999 : Lance Armstrong est contrôlé positif aux corticoïdes. Il présente un certificat médical a posteriori pour échapper aux sanctions[11].
2002 : l'épouse du coureur classé troisième à l'issue du Tour de France
2002, la Lituanienne Edita Rumšas, est prise par les douanes françaises avec un coffre plein de produits dopants. L'affaire Rumšas est jugée en France en novembre 2005[12] (ce même coureur, qui nie tout dopage au tour de France, sera contrôlé positif au tour d'Italie[13]).
2004 : l'affaire Cofidis révèle une nouvelle fois un dopage organisé au sein d'une équipe professionnelle. Cette affaire implique notamment Philippe Gaumont.
2004 : lors des Jeux Olympiques d'Athènes puis lors du Tour d'Espagne, Tyler Hamilton est le premier cycliste contrôlé positif pour transfusion sanguine[14].
2005 : Roberto Heras, quadruple vainqueur du Tour d'Espagne (2000, 2003 ,2004, 2005), est contrôlé positif lors de la 20ème étape de la Vuelta[15].
2006 : En juin, la police espagnole a arrêté cinq personnes dont le directeur sportif de l'équipe cycliste Liberty Seguros pour participation à un vaste réseau de dopage concernant de nombreuses équipes et de nombreux cyclistes en vue (voir Affaire Puerto). Plusieurs sérieux prétendants au Tour de France 2006 dont Ivan Basso et Jan Ullrich ont été forcés de se retirer. On peut également citer d'autres grands noms, tels que Joseba Beloki, Oscar Sevilla, Francisco Mancebo, Angel Casero, Igor González de Galdeano ou encore Tyler Hamilton.
2006 : Quatre jours après l'arrivée du Tour de France à Paris, les résultats d'un test mené une semaine auparavant, donnent un coureur positif aux testostérones. Il s'agit du vainqueur et maillot jaune, l'américain Floyd Landis.
2007 : Le Tour de France 2007 est entaché par la révélation du cas de dopage du coureur allemand Patrik Sinkewitz lors d'un entraînement en juin 2007 et de la révélation de l'exclusion par sa fédération nationale du danois Michael Rasmussen. Il sera, par la suite, prié par son équipe de quitter le Tour de France la veille de la 17e étape alors qu'il était maillot jaune provisoire du Tour (l'organisation du Tour, prévenue depuis plusieurs jours de l'irrégularité de sa situation, n'ayant rien fait). Le Kazakh Alexandre Vinokourov, 33 ans, leader de l'équipe Astana, a été contrôlé positif aux transfusions homologues samedi 21 juillet à l'issue du contre-la-montre individuel du Tour de France qu'il a remporté à Albi. Suite au contrôle positif de son coureur, la formation Astana dont il était le leader a décidé de quitter le Tour. Le coureur Italien, Cristian Moreni de l'équipe Cofidis a également été contrôlé positif mais à la testostérone lors de la 11ème étape du tour. L'équipe Cofidis est donc non partante pour la suite des étapes.
2008 : En juin 2008, Tom Boonen est contrôlé positif à la cocaïne. Durant le tour de France, Manuel Beltran, Moises Duenas Nevado et Riccardo Riccò, alors 9ème au classement général, sont contrôlés positif à l'EPO de troisième génération (CERA), Dimitri Fofonov est contrôlé positif à l'heptaminol. Une analyse plus approfondie a conclu rétrospectivement au dopage à l'EPO de Leonardo Piepoli, Bernhard Kohl (3ème et meilleur grimpeur) et Stefan Schumacher en octobre 2008.